配合工廠清查作業，全面掌握全縣具空污排放之公私場所(工廠)家數，調查工廠污染源操作現況並計算各廠之個別空氣污染物排放量作為後續稽查管制的依據。

執行固定污染源操作許可申請審查及查核作業
配合「固定污染源設置與操作許可證管理辦法」嚴格審查公私場所提送許可申請文件，確保工廠操作運轉條件均能依操作許可證進行運作。此外每年抽查領有操作許可證之公私場所製程運作情形，確保公私場所能依環保局核准之操作許可證規範項目進行操作。

執行空氣污染防制費徵收、查核及催補繳作業
針對具排放硫氧化物、氮氧化物、揮發性有機物且符合空氣污染防制費徵收辦法規定之的公私場所，徵收空氣污染防制費。並依公私場所申報之空污費內容進行審查，如有發現申報錯誤需進行空污費補繳之工廠將通知補繳，以落實污染者付費的精神。

執行土石加工業污染管制
南投縣歷經多次風災影響，導致縣內主要河川淤積大量土石影響沿岸居民安全，尤其以98年8月莫拉克颱風影響為大，因此各級水利主關機關陸續辦理河川疏濬工作。惟大量土石開採、運輸、堆置及加工作業，嚴重影響南投縣空氣品質，砂石車行駛於本縣各主要道路上，不但影響居民生活環境，更威脅到居民行的安全。
為避免土石加工業及砂石車影響本縣空氣品質及環境景觀，南投縣政府環保局加強執行稽巡查工作，除輔導業者依「固定污染源逸散性粒狀污染物空氣污染防制設施管理辦法」做好各項空氣污染防制設施外，另推動土石加工業認養洗掃周邊道路，推廣廠區總體營造鼓勵土石加工業進行圍籬彩繪、環境綠化等環境友善措施，以協助業者改善土石加工業髒亂及視覺污染的不良印象。