1.由再利用者上網至行政院環境保護署-環境保護許可管理資訊系統(EMS)申請管制編號，由左側之新申請管制編號，上網填寫相關資料並上傳相關身分證明文件，提出申請。

管制編號申請

    A.紙本申請(已有列管廢棄物以外之管制編號，例如：空污、水污)

      事業下載填具申請管制編號傳真單並用印後，將傳真單及相關證明文件傳真至環保局(049-2204040)並請電話向環保局確認。環保局將至EUIC核發系統申請，並於 管制編號核發後電話通知管制編號及密碼。

      事業(列管類別為廢棄物)進入EMS首頁，點選「新申請管制編號」，逐一填具資料並上傳證明文件，詳細步驟如新申請管編操作手冊，若有任何疑義，請洽環保局確認(049-2237530#1513)。環保局將至EUIC核發系統申請，並於管制編號核發後電話通知管制編號及密碼。

     C.證明文件

       工廠登記證明文件、公司登記證明文件或商業登記證明文件、公司執照、公司變更登記表、開業執照、畜牧場登記證、土地登記謄本、負責人身分證影本等。

      D.修改管制編號基本資料申請及上網密碼查詢申請

         事業(列管類別為廢棄物)下載填具修改管制編號基本資料申請單(或上網密碼查詢申請單)並用印後，將申請單及相關證明文件傳真至環保局(049-2204040) 並請電
 話向環保局確認。環保局將申請基本資料至EUIC提出修改申請，並於基本資料修正核准後電話通知業者。

2.請上網進入環境保護許可管理資訊系統(EMS)依系統指示輸入機構管編及密碼資料登入。

3.點選左方「基線資料填報/確認」並依序填妥下方表格資料。​。

4.點選「許可申請、變更/異動」-事業廢棄物清理計畫書，系統會自動帶至事業廢棄物清理計畫書介面。

5.依填報內容點選「填報、變更或異動」後，再點選同步EMS資料。

6.點選提出申請完成後，請列印出一式三份，裝訂後於每頁之間加蓋騎縫章。

7.請於清理計畫書八、用印欄欄位中用印，其「專責人員簽章」處，若非屬環境部資源循環署公告應設置專責人員之事業，則毋需於專責人員簽章處簽章。

8.請檢附工廠登記證、營業登記證明文件或其他相關設立證明文件影本，並於其上加蓋公司章，註明與『正本相符』。

9.繳交清理計畫書審查費請以「現金」(南投縣政府C棟2樓行政科臨櫃繳款)或郵政匯票（受領人請開立：南投縣政府環境保護局）繳付。​

10.清理計畫書請至南投縣政府C棟2樓收發室掛文繳交，或寄送南投縣政府環境保護局收（540225南投縣南投市中興路660號）。

11.提報事業廢棄物清理計畫書若有任何疑義，請洽環境部資源循環署事業廢棄物管制中心（電話0800-059777）或環保局廢棄物處理管理科(連絡電話: 049-2237530分機1503、1507，或撥打專線049-2201456)。

參考範例：各行業別之事業廢棄物清理計畫書的填寫格式及填表說明

參考法規：事業廢棄物清理計畫書審查管理辦法