本局設局長一名、副局長一名、秘書一名，與八個科室：綜合計畫科(編制3人約僱10人)、空汙染防制科(編制6人約僱5人)、水質保護科(編制5人約僱3人)、廢棄物管理科(編制7人約僱4人)、稽查科(編制4人約僱6人)、行政科(編制6人)、會計室(編制2人約僱2人)、人事室(編制1人)等。 編制員額計37人、約僱30人