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為達成改善河川水質，行政院環境保護署近年來積極推動「畜牧糞尿資源化」，環保局配合政策辦理畜牧業宣導說明會及派員至畜牧業豬舍或牛舍加強宣導，幫助業者與農民溝通媒合施灌農地，免費協助有意願業者提出申請，並針對沼液沼渣、地下水以及施灌農地之土壤進行採樣檢測，根據調查結果規劃施灌量並輔導業者撰寫計畫書提送農業處審查；另外輔導畜牧業者申請排放許可證時應配合資源化比例提出放流水澆灌花木申請；以及輔導飼養20~199頭畜牧業申請畜牧業廢水管理計畫全量澆灌。
截至目前南投縣畜牧業沼液沼渣回歸農田作為肥份使用計畫核可14家，符合標準放流水回收澆灌花木核准許可共13家以及小型養豬畜牧業(飼養小於200頭)廢水管理計畫核備全量回收澆灌共8家，可見宣導成效良好。環保局為了持續調查畜牧糞尿資源化成果，每季皆派員至各牧場確認現場廢水處理設施現況，輔導業者依照核定計畫書或許可內容進行澆灌，按次填寫施灌紀錄表。並定期追蹤監測施灌後農地附近之土壤及地下水，檢測結果皆未超過停灌標準，環保局將持續監測避免造成二次污染。
經環保局統計109年「畜牧糞尿資源化」成果，畜牧業沼液沼渣回歸農田作為肥份實際施灌量約8000公噸/年、符合標準放流水回收澆灌花木實際澆灌量約15800公噸/年、小型養豬畜牧業全量回收澆灌量約6200公噸/年，執行成果卓越並大幅度減少畜牧廢水排入河川水體，並讓畜牧肥份回歸農田使用，減少化學肥料使用，為畜牧業、農友及環境營造三贏效益。
為持續推動畜牧業資源化政策，環保局110年度規劃輔導4家畜牧業申請沼液沼渣回歸農田作為肥份使用計畫，分別為樂群牧場、陳智政畜牧場、健勇畜牧場以及民德牧場，透過逐年輔導畜牧業辦理資源化，減少廢水直接排入承受水體，業者還可以省下廢水處理設施操作和水污染防治部分費用，農地方面也能獲得肥分、土壤改善外還減輕缺水之苦。籲請畜牧業者積極參與「畜牧糞尿資源化」政策，環保局將協助撰寫相關計畫書及送審等事宜，有興趣農畜牧業者請撥打諮詢專線049-2233791。
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