依據「空氣污染防制費收費辦法」第14條規定，公私場所依法申報空氣污染防制費者，各級主管機關應審查核算並通知其審查結果。其結算不足者，加徵其差額，並限期於九十日內繳納，屆期未繳清者，逕依本法第五十五條規定辦理；溢繳者，充作其後應繳費額之一部分或依其申請退還溢繳之費用。
前項溢繳金額未達二千元者，應充作其後應繳費額之一部分。但屬營建工程者，不在此限。
公私場所因歇業、污染源設備拆除或其他因素致無須繳納空氣污染防制費者，得於事實發生之日起三十日內，檢具相關證明文件向各級主管機關辦理結算及停徵作業。