本縣13鄉鎮市公所皆設有轉運點,各公所清運之垃圾經收集後,集中載運至轉運車上,再轉運至週遭焚化廠處理。依據「節能減碳」之原則,本縣已於98年完成埔里鎮區域垃圾轉運站,規劃埔里鎮、魚池鄉、國姓鄉及仁愛鄉之家戶垃圾清運後轉至該站,在由轉運車轉至焚化廠處理,以減少轉運路程及二氧化碳排放量。