本縣13鄉鎮市公所皆設有轉運點，各公所清運之垃圾經收集後，集中載運至轉運車上，再轉運至週遭焚化廠處理。依據「節能減碳」之原則，本縣已於98年完成埔里鎮區域垃圾轉運站，規劃埔里鎮、魚池鄉、國姓鄉及仁愛鄉之家戶垃圾清運後轉至該站，在由轉運車轉至焚化廠處理，以減少轉運路程及二氧化碳排放量。