(一)事前變更（依「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」第21條規定）事業或污水下水道系統，變更下列水措計畫核准文件或許可證（文件）登記事項，應於事實發生之翌日起三十日內，向核發機關辦理變更：

一、基本資料。
二、廢（污）水水量、污泥量之計測設施、計量方式及其校正維護方法。
三、除中央主管機關依本法第十四條之一第一項指定公告之事業外，其增加或變更作業系統用水來源、產生廢（污）水之主要製程設施，或其每日最大生產或服務規模，且未增加用水量、廢（污）水產生量，及未變更廢（污）水（前）處理設施及污泥處理設施功能。
四、受託處理同業別之廢（污）水者，於核准餘裕量內之委託者及其委託廢（污）水量。
五、廢（污）水處理設施單元汰舊換新，且其規格條件及功能皆與原許可證（文件）登記相符。
六、僅變更廢（污）水處理設施單元之附屬機具設施，未涉及廢（污）水處理設施或其操作參數變更。
七、畜牧業設置之厭氧沼氣收集袋或貯存槽。
八、縮減每日最大用水量、廢（污）水產生量，且未涉及廢（污）水處理設施、操作參數或其他登記事項之變更。
九、其他未涉及廢（污）水、污泥之產生、收集、處理或排放之變更，經中央主管機關認定者。

前項登記事項之變更，應依下列規定辦理：

一、第一款基本資料，須先經目的事業主管機關核准者，自核准之翌日起三十日內為之。
二、第一款基本資料，大門口、採樣口、排放口及放流口之座標與許可證（文件）不符，未涉及位置之變更者，應於其知有不符之翌日起三十日內為之。

(二) 事後變更（依「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」第22條第1項規定），事業或污水下水道系統變更前條以外之水措計畫核准文件或許可證（文件）登記事項，應於變更前，送核發機關審查，經核准後，始得變更。

(三) 依「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」第31條規定，事業或污水下水道系統領有許可證（文件）及納管事業且無排放廢（污）水於地面水體者之水措計畫核准文件，有效期間為五年。期滿仍繼續使用者，應自期滿六個月前起算五個月之期間內，向核發機關申請核准展延，每次展延，不得超過五年。
事業或污水下水道系統依前項規定申請展延之文件，不符規定或未能補正者，核發機關應於許可證（文件）、水措計畫核准文件期限屆滿前，駁回其申請；因核發機關之審查致許可證（文件）、水措計畫核准文件期限屆滿前無法完成展延准駁者，事業或污水下水道系統於屆滿後至完成審查期間內，得依原登記事項操作營運。