以往對於污染源的管制多著重在污染發生後之稽查，而許可制度則是規範污染源於設置、變更及操作前，須主動「誠實申報」廠內設備及排放狀況、並採行有效的污染防制措施，以符合排放標準及相關管制規定，進而於事前確實掌握污染源之污染排放。簡單的說，推行許可制度即可達到下列目標：
(1)落實固定污染源之管制工作。
(2)確實掌握固定污染源之排放資料及排放情形。
(3)規範固定污染源之設置操作，防範污染於未然。